باستان شناسان با توجه به یافته‌های تپه باستانی حسنلو در جنوب دریاچه ارومیه احتمال می دهند از شش هزار سال پیش در این منطقه انسان هایی زندگی می کردند. در برخی از کتابهایی که در باره تاریخ آذربایجان نوشته شده است با صراحت از قدمت هفت هزار ساله آذربایجان دفاع گردیده ولی در نوشته های مورخین، خبری رسمی از تاریخ بیش از هزار سال پیش از میلاد گزارش نشده است. با در نظر گرفتن دو هزار سال بعد از میلاد، می توان از تاریخ سه هزار ساله آذربایجان سخن گفت.
بررسی های اجمالی نقشه های تاریخی نشان می دهد آذربایجان تاکنون ـ به استثنای سی و شش بعد از مرگ اسکندر مقدونی و نیم قرن اخیر ـ حکومت مستقلی نداشته و همیشه بخشی از یک کشور بزرگ بوده است.
آذربایجان حدود دوهزار و هفتصد سال پیش از میلاد جزء کشور آرتا بوده است. یکصد و پنجاه سال بعد، از سال دو هزار و پانصد و پنجاه قبل از میلاد تا سال دوهزار و چهارصد قبل از میلاد تحت حاکمیت پادشاهی گوتیان قرار داشتند. با انقراض گوتیان، لولوبیان در بخش اعظم سرزمین آنها به حکومت رسیدند که آذربایجان نیز جزء آن بود.
نهصد سال بعد در مجموعه سرزمینی اورارتوها قرار گرفتند. بعد از اورارتوها در فاصله زمانی حدود هزار و پانصد تا نهصد سال پیش از میلاد گیلزان و منائیان بر منطقه حکمرانی داشتند. سرزمین آذربایجان در فاصله سال های نهصد تا هفتصد پیش از میلاد جزئی از امپراتوری عظیم مادها بود.
حدود پانصد و پنجاه سال پیش از میلاد، تحت حاکمیت امپراتوری هخامنشیان قرار گرفت. این سرزمین بخشی از یک ایالت بزرگ ـ به اصطلاح ساتراپی ـ بود. ساتراپ ایالت ماد ـ که آذربایجان جزئی از آن بود ـ در آخرین سال‌های هخامنشیان، «آترپات» یا «آذرباذ» بود که یونانی‌ها او را «آتروپاتس» و یا «آتروپات» می‌نامیدند.
در سال سیصد و سی پیش از میلاد، بعد از شکست هخامنشیان از اسکندر مقدونی به عنوان بخشی از حکومت مادها توسط ساتراپ مادی اداره می شدند. پس از مرگ اسکندر، ساتراپی ماد دو قسمت شد: ماد بزرگ(با نام ماد) و ماد کوچک (با نام ماد آتروپات) بعدها ماد کوچک به نام آتروپاتن(سرزمین تحت سلطنت آتروپات) نامیده شد.
آتروپاتن(آذربایجان و کردستان امروزی) در دوره اسکندر و سلوکیان مقام ساتراپی خود را حفظ کرد و تحت حاکمیت مستقیم سلوکیان15 قرار نگرفت و با وجود قبول برتری این دولت، استقلال داخلی(خودمختاری) خود را حفظ نمود.16
استقلال آتروپاتن چندان دوام نیاورد؛ سی و شش سال بعد، تحت حاکمیت امپراتوری سلوکی قرار گرفت و بعد از آن در سال یکصد و نود پیش از میلاد بخشی ارمنستان بزرگ گردید. دو قرن بعد، در قرن اول میلادی تحت حاکمیت پادشاهی آلبانی‌های قفقاز قرار داشت.
در سال دویست و پنجاه و دو میلادی به تصرف ساسانیان درآمده و به صورت ایالت وابسته به امپراتوری ساسانی اداره می شد. با شکست امپراتوری ایران و امپراتوری روم شرقی از عرب‌های مسلمان، قفقاز به دست مسلمانان فتح گردید. حدود دو قرن تحت حاکمیت اعراب بودند در اواسط خلافت بنی عباس گروهی از ساکنان آذربایجان با خلفای عباسی مخالفت کردند که قیام بابک خرمدین معروفترین آنهاست.
بعد از خلفای عباسی، پادشاهان شدادی، روادی و ساجیان به ترتیب بر قسمت‌هایی از آذربایجان حکومت کردند. از اواخر قرن دوم شمسی شروانشاهان حکومت منطقه آذربایجان را در دست گرفتند. در اوایل قرن پنجم شمسی غزنویان بر قسمتی از منطقه مسلط شدند. آنان اولین حکومت ترک‌تبار را در منطقه تأسیس کردند.
به دنبال غزنویان، سلجوقیان که حکومتی ترک‌تبار بودند بر منطقه حاکم شدند. آنان امپراتوری عظیمی را بنیان نهادند که بیشتر نواحی غرب آسیا ـ از جمله آذربایجان ـ را در بر‌گرفت. با سلطه سلجوقیان، ایلات اغوز به آذربایجان کوچ کردند از آن زمان بافت جمعیتی آذربایجان تغییر یافت. شروانشاهان در زمان سلجوقیان به آنان خراج داده و بر مسند قدرت باقی ماندند. این سلسله تا زمان انقراضش در سال ۹۱۷ خورشیدی (۹۴۵ قمری) به دست شاه تهماسب اول صفوی، در قسمت‌هایی از آذربایجان به‌ویژه ناحیه شمال شرقی این جمهوری به صورت حاکمان محلی، حکمرانی می‌کردند.
سلطنت ترک‌ها با حمله مغول‌ها دستخوش وقفه شد و ترک‌ها با سلطه تیمورلنگ به حاکمیت برگشتند، سپس قره قویونلوها و آق قویونلوها به حکومت رسیدند. در قرن ۱۵ میلادی خانات محلی تحت سلطه آق‌قویونلوها، به قسمت عمده آران، شروان و قره‌باغ تسلط داشتند تا اینکه صفویه به قدرت رسیدند. آران و شروان، از اولین مناطقی بود که شاه اسماعیل اول آنها را تصرف کرد. پس از جنگ چالدران برای نخستین بار این منطقه به شکل موقت به اشغال ترکان عثمانی درآمد تا پس از دست به‌دست شدن‌های زیاد، هشتاد سال بعد، ایرانیان در زمان شاه عباس موفق به بازپس‌گیری این منطقه شدند.
بعد از صفویه، این مناطق تحت حکومت افشاریه و سپس تحت حاکمیت قاجاریه قرار داشت که در سال‌های ۱۱۹۳ و ۱۲۰۷ خورشیدی براساس عهدنامه گلستان و ترکمانچای میان ایران و روسیه از ایران جدا و به روسیه تزاری ملحق گردید.