بنابر نقل کتب تاریخ، در عمل به وصیت حضرت زهرا(س) دفن آن حضرت شبانه انجام گرفت. وصیت حضرت زهرا(س) چنین بود : «بِسْمِ اللهِ الرَّحمنِ الرَّحیم. هذا ما اَوْصَتْ بِهِ فاطِمَةُ بِنْتُ رَسولِ اللهِ، اَوْصَتْ وَ هِیَ تَشْهَدُ اَنْ لا الهَ اِلاّ اللهُ وَ اَنَّ مُحَمَّداً عَبْدُهُ وَ رَسولُهُ وَ اَنَّ الْجَنَّةَ حَقُّ وَ النّارَ حَقُّ وَ اَنَّ السّاعَةَ آتِیَةٌ لارَیْبَ فیها وَ اَنَّ اللهَ یَبْعَثُ مَنْ فُی الْقبورِ، یا عَلِیُّ اَنَا فاطِمَةُ بَنتُ مُحَمَّدٍ(ص) زَوَّجْنَی اللهُ مَنْکَ لأکونَ لَکَ فِی الدُّنیا وَ الاخِرةِ، اَنْتَ اَوْلی بِی مِنْ غَیْرِی، حَنِّطْنی و غَسِّلْنِی و کَفِّنِّی بِاللَّیلِ وَ صَلِّ عَلَیَّ وَ ادْفِنِّی بِاللَّیْلِ وَ لاتُعْلِمْ اَحَداً وَ اَسْتَوْدِعُکَ اللهَ و اقْرَءُ عَلی وُلْدِی السَّلامَ اِلی یَومِ الْقِیامَةِ؛ به نام خداوند بخشنده و مهربان، این وصیت نامه فاطمه دختر رسول خدا(ص) است و در حالی وصیّت می کند که شهادت می دهد خدایی جز خدای یگانه نیست و محمّد(ص) بنده و پیامبر اوست و بهشت حق است و آتش جهنم حق است و همانا روز قیامت فرا خواهد رسید و شکّی در آن نیست و خداوند مردگان را از قبر زنده کرده، وارد محشر می کند. ای علی! من فاطمه دختر محمّد هستم. خدا مرا به ازدواج تو درآورد تا در دنیا و آخرت برای تو باشم. تو از دیگران بر من سزاوارتری. حنوط و غسل و کفن کردن مرا در شب به انجام رسان و شب بر من نماز بگزار و شب مرا دفن کن و به هیچ کس اطّلاع نده. تو را به خدا می سپارم و بر فرزندانم تا روز قیامت، سلام و درود می فرستم.(عوالم، ج۱۱، ص۵۱۴؛ بحارالانوار، ج۴۳، ص۲۱۴؛ ج۱۰۰، ص۱۸۵؛ ج۷۸، ص۳۹۰)
در بیان علت وصیت باید گفت: بنابر اقتضای سیاسی، باید نماز میّت دختر پیامبر اکرم(ص ) را حاکم اسلامی ـ خلیفه اول ـ که خود را از هر جهت، یک فرد شایسته برای جانشینی پیامبر اکرم(ص) می داند، بخواند. با این وصیت، حضرت صدیقه طاهره(س) این حربه را از دست آنها گرفت. دفن شبانه و اقامه نماز میت بدون حضور و اطلاع خلیفه و مخفی بودن قبر، اسراری است که در درون خود پیام‌هایی دارد. این اقدام سیاسی حضرت زهرا(س) چندین پرسش را در برابر مورخان و آیندگان قرار می دهد تا بپرسند: چرا قبر فاطمه(س) پنهان است؟ چرا دختر پیامبر شبانه و پنهانی دفن شد؟ و...
محمد بن اسماعیل بخاری در این مورد می‌نویسد: «وَ عَاشَتْ بَعْدَ النبی صلی الله علیه وسلم سِتَّةَ أَشْهُرٍ فلما تُوُفِّیَتْ دَفَنَهَا زَوْجُهَا عَلِیٌّ لَیْلا و لم یُؤْذِنْ بها أَبَابَکْرٍ وَ صَلَّی علیها؛ فاطمه زهرا(س)، شش ماه پس از رسول خدا(ص) زنده بود، زمانی که از دنیا رفت، شوهرش علی(ع) او را شبانه دفن کرد و ابوبکر را با خبر نساخت و بر او نماز خواند.»(صحیح البخاری، ج ۴، ص۱۵۴۹)
شیخ صدوق در باره علت دفن شبانه آن حضرت(س) می‌نویسد: «عَنِ الْحَسَنِ بْنِ عَلِیِّ بْنِ أَبِی حَمْزَةَ عَنْ أَبِیهِ قَالَ سَأَلْتُ أَبَا عَبْدِاللَّهِ علیه السلام لأَیِّ عِلَّةٍ دُفِنَتْ فَاطِمَةُ(علیها السلام) بِاللَّیْلِ وَ لَمْ تُدْفَنْ بِالنَّهَارِ قَالَ لأَنَّهَا أَوْصَتْ أَنْ لایُصَلِّیَ عَلَیْهَا رِجَالٌ[الرَّجُلانِ]؛ علی بن ابوحمزه از امام صادق(ع) پرسید: چرا فاطمه را شب دفن کردند نه روز؟ فرمود: فاطمه(س) وصیت کرده بود مردان[آن دو مرد: ابوبکر و عمر] بر جنازه آن حضرت نماز نخوانند.»(علل الشرایع، ج۱، ص۱۸۵)