این دانشگاه از طریق آزمون سراسری مراکز آموزش عالی کشور به روش متمرکز (با شرایط خاص یا نیمه متمرکز) هر ساله از میان علاقمندان به تحصیل در دانشگاه مذاهب اسلامی در دو مرحله کتبی و شفاهی (مصاحبه) با حق اولویت برای حافظان قرآن دانشجو می پذیرد.
آزمون کتبی دانشگاه مذاهب اسلامی ویژه طلاب حوزه های علمیه و مدارس رسمی اهل سنت هر ساله در سه مقطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری در تیر ماه برگزار میشود.
طول دوره های کارشناسی این دانشگاه همانند سایر رشته های تحصیلی ۴ ساله (۸ نیم سال تحصیلی) و دوره های کارشناسی ارشد این دانشگاه در دوره های ۲ سال و یا دو سال و نیم می باشد.
دانشگاه مذاهب اسلامی یکی از دانشگاه های دولتی شهر تهران است که هر ساله از میان طلاب حوزه های شیعه و مدارس علوم دینی اهل سنت اقدام به جذب دانشجو می نماید. ثبت نام این دانشگاه برای داوطلبان مرد و زن در مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری از طریق سامانه سازمان سنجش انجام میگیرد.
رشته های تحصیلی ارائه شده در دانشگاه مذاهب اسلامی عموما در زمینه فقه و حقوق بوده و امکان تحصیل برای تمامی داوطلبان علاقه مند به مذاهب اسلامی از در سابر کشورها فراهم است. واحد مرکزی این دانشگاه در شهر تهران قرار گرفته است.
دانشگاه مذاهب اسلامی با هدف پرورش نسلی از علما و محققان مسلمان، با تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی در سال ۱۳۷۱ شروع به کار نمود. این دانشگاه در حال حاضر تنها دانشگاهی است که رشته و گرایش های حقوق و فقه مقارن را بصورت تطبیقی ارائه داده و همچنین میزبان دانشجویان تمام مذاهب اسلامی از دیگر کشور ها می باشد.