عامل اصلی ایجاد زگیل تناسلی ویروس پاپیلومای انسانی یا ( HPV Human Papilloma Virus) است. این ویروس بیش از ۱۰۰ نوع مختلف دارد که حدود ۴۰ نوع از آن میتواند دستگاه تناسلی زنان و مردان را آلوده کند. از میان این انواع، نوعهای ۶ و ۱۱ بیشتر باعث زگیلهای خوشخیم میشوند، در حالی که نوعهای ۱۶ و ۱۸ با خطر بالای سرطان دهانه رحم و سایر سرطانهای ناحیه تناسلی مرتبط هستند.
ویروس HPV از طریق تماس مستقیم پوستی و بهویژه در حین تماس جنسی منتقل میشود. استفاده نکردن از وسایل محافظتی، تعدد شرکای جنسی، تماس با پوست یا غشای مخاطی آلوده از مهمترین عوامل انتقال ویروس است.
پس از ورود ویروس به بدن، معمولا دوره نهفتگی بیماری بین چند هفته تا چند ماه متغیر میباشد. در این مدت، ویروس در سلولهای لایه بازال پوست یا مخاط نفوذ کرده و موجب افزایش تقسیم سلولی میشود که در نهایت به ایجاد ضایعات زگیلی منجر میگردد.