اصولا هر عمل جراحی در کنار مزایای عالی خود با معایب احتمالی همراه است. از خطرات واژینوپلاستی می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:
خونریزی
عفونت (با مشاهده بو یا افزایش ترشحات واژن به‌دلیل رشد بیش‌ازحد باکتری‌ها یا قارچ)
درد
واکنش آلرژیک به مواد بیهوشی
ترومبوز ورید عمقی در اثر تجمع لخته خون در سیاهرگ‌های عمقی
معمولا این مشکلات موقتی هستند و طی چند روز اول به کمک داروهای تجویز شده کنترل می‌شوند. از عوارض واژینوپلاستی که بعضی از خانم‌ها با آن مواجه می‌شوند می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:
دیسپارونی یا مقاربت دردناک: معمولا در اثر باقی‌ماندن جای زخم یا تنگی بیش‌ازحد واژن بروز می‌کند.
آسیب به عصب: ممکن است در حین جراحی رخ دهد و باعث بروز بی‌حسی موقت یا دائمی در ناحیه واژن شود.
تنگی واژن: تنگی واژن یکی از عوارض شایع واژینوپلاستی است و برای پیشگیری از بروز آن نیاز به ارزیابی تخصصی و کالیبر دقیق میزان برداشت بافت اضافی واژن توسط پزشک است. این مسئله هم بر روی رابطه جنسی و هم بر خروج لخته‌های خون در زمان قاعدگی اثرات بدی دارد.
فیستول وزیکوواژینال یا فیستول رکتوواژینال: فیستول وزیکوواژینال یک بافت اضافی غیر طبیعی بین واژن و دستگاه ادراری و فیستول رکتوواژینال یک زائده غیر طبیعی بین واژن و راست‌روده است. هر دو در اثر آسیب به مجرای ادراری یا راست‌روده حین جراحی بروز می‌کنند. بروز این فیستول‌ها یکی دیگر از عوارض دردسرساز واژینوپلاستی است. حتی ممکن است نیاز به انجام جراحی دیگری برای برای ترمیم و حذف آن‌ها باشد. معمولا اگر جراح مهارت کافی را داشته باشد، برداشتن فیستول‌ها خطر زیادی ندارد.