شرکت در آزمون کارشناسی ارشد وزارت بهداشت برای تمام داوطلبانی که قصد ورود به این مقطع تحصیلی را دارند، ضروری است و بایستی در آزمون ورودی که توسط مرکز سنجش آموزش پزشکی کشور برگزار می گردد حضور به عمل آورند تا کارنامه اعلام نتایج اولیه کنکور کارشناسی ارشد وزارت بهداشت برای آن ها صادر گردد. متقاضیان پس از مشاهده نتیجه اولیه، بایستی دست به انتخاب رشته بزنند و منتظر اعلام نتایج انتخاب رشته کنکور کارشناسی ارشد وزارت بهداشت بمانند.
سایت سنجش آموزش پزشکی در ابتدا اقدام به انتشار کارنامه اولیه آزمون ارشد علوم پزشکی می کند تا داوطلبان از درصد هر درس، تراز، رتبه و وضعیت مجاز بودن خود مطلع شوند. سپس بازه زمانی را تحت عنوان مهلت انتخاب رشته اعلام می کند که داوطلبان متقاضی انتخاب رشته بایستی به انتخاب رشته بپردازند.
شرکت کنندگانی که از وضعیت کارنامه خود رضایت داشته باشند باتوجه به شانس قبولی، از دفترچه انتخاب رشته، کد رشته محل های خود را انتخاب می کنند و به ثبت در سایت انتخاب رشته می رسانند. در این مرحله نوبت به انتشار نتایج انتخاب رشته ارشد پزشکی می رسد.