یکی از حساس ترین و مهم ترین مراحل ورود به مقطع دکتری دانشگاه های سراسری و آزاد، مبحث پرتنش انتخاب رشته دکترا می باشد. برای انجام فرآیند انتخاب رشته، دانلود و مطالعه کامل دفترچه انتخاب رشته دکتری دانشگاه های سراسری و آزاد ضروری است. زیرا داوطلبان بایستی انتخاب رشته خود را با آگاهی کامل از زمان، نحوه، شرایط، تعداد انتخاب کد رشته محل ها، هزینه انتخاب رشته و... انجام دهند و تمام نکات لازم در دفترچه، قید می گردد.
برای آزمون دکتری دو دفترچه راهنما توسط سایت سازمان سنجش آموزش کشور منتشر می شود. دفترچه اول: دفترچه ثبت نام دکتری و دفترچه دوم: دفترچه انتخاب رشته دکترا می باشد. درخصوص دفترچه اول باید بگوییم که، به دلیل ادغام آزمون دکتری دانشگاه های سراسری و آزاد، صرفا یک دفترچه منتشر می شود و داوطلبان بایستی یک ثبت نام انجام دهند. اما پس از اعلام نتایج کنکور دکتری، مسیر انتخاب رشته دانشگاه های سراسری و آزاد از یکدیگر جدا می شود و دو دفترچه جداگانه برای هر کدام وجود دارد.