علاوه بر نوع سانتریفیوژ، نوع روتور نیز می تواند بر فرآیند سانتریفیوژ تأثیر بگذارد. روتورها را می توان از فلز، پلاستیک یا مواد کامپوزیت ساخت. آنها در سه دسته اصلی قرار می گیرند: روتورهای سطل چرخشی، روتورهای درام و روتورهای با زاویه ثابت.
در روتورهای سطل چرخشی، نمونه ها در لوله های سانتریفیوژ قرار می گیرند و در سطل های جداگانه بارگذاری می شوند. این سطل ها در حالت استراحت به صورت عمودی آویزان می شوند اما هنگامی که سانتریفیوژ در حال کار است به حالت افقی حرکت می کنند. آنها را می توان در سانتریفیوژهای کوچکتر تا 6000 گرم استفاده کرد. آنها برای جداسازی آسان فازها، جداسازی ذرات مجزا و برای حل گرادیان چگالی اجازه می دهند. با این حال، آنها در گندله سازی ناکارآمد هستند.
روتورهای درام روتورهای تخصصی برای کاربردهای گریز از مرکز بالا هستند. نمونه ها در یک کاست نگهداری می شوند و به صورت عمودی در روتور قرار می گیرند. نمونه ها از حالت عمودی حرکت نمی کنند. فرآیند ته نشینی شبیه روتورهای سطل چرخشی است اما با سرعت های بیشتر. آنها کارایی بسیار خوبی برای جداسازی چگالی دارند اما این روتور برای کاربردهای پلت کردن مناسب نیست.
روتورهای با زاویه ثابت رایج ترین نوع موجود در آزمایشگاه ها هستند و می توانند بیش از 60000 گرم را تحمل کنند. لوله های سانتریفیوژ در یک زاویه ثابت در روتور نگه داشته می شوند و محلول در طی فرآیند سانتریفیوژ مجدداً جهت خود را تغییر می دهد. آنها به ویژه برای کاربردهای پلت کردن و جداسازی چگالی مفید هستند. مقدار موادی که می توان با روتور با زاویه ثابت سانتریفیوژ کرد، متغیرتر است و در مقایسه با هر نوع روتور دیگری می توان از حجم های بالاتر استفاده کرد.
