بسیاری از بیماران با توجه به شناخت کم خود نسبت به لاپاراسکوپی، نگران معایب این عمل هستند. این عمل جراحی را نمی توان کاملا بدون عیب و عارضه دانست؛ اما چیزی که مهم است، کم بودن عارضه هاست. از جمله معایب این روش درمان سنگ صفرا می توان به موارد زیر اشاره نمود:
- دمیدن گاز داخل حفره شکمی که در این روش انجام می شود، ممکن است برای برخی بیماران خطرناک باشد.
- اشخاصی که به بیماری های قلبی یا بیمار‌های انسدادی ریه مبتلا هستند، نباید از این روش استفاده کنند.
- این روش در مقایسه با درمان سنگ کیسه صفرا با لیزر عوارض بیشتری دارد و فرد ممکن است تا یک هفته مجبور به استراحت باشد.
- انجام عمل جراحی به روش لاپاراسکوپی در سنین بالای 60 سال چندان مناسب نیست.
- خون ریزی در برخی از موارد دیده شده است که ناشی از مصرف قرص ها بوده است.
- بزرگ ترین عارضه درمان سنگ صفرا با لاپاراسکوپی اسهال ممتد است که بعد از یک هفته برطرف می شود.