مشاوره معافیت پزشکی سعی می کند با بررسی شرایط مشمولان و متقاضیان دریافت معافیت پزشکی تمام موارد معافیت نظام وظیفه را برایشان شرح دهند که این موارد در قالب قوانین و تبصره هایی منتشر شده است.
بدیهی است که مشمولی که هیچگونه تخصصی درباره مقررات نظام وظیفه ندارد، نمیتواند از تمام موارد معافیت پزشکی نظام وظیفه اطلاع داشته باشد. به همین دلیل استفاده از مشاوره معافیت پزشکی بسیار راهگشا است. اگر بخواهیم برخی از موارد مشاوره معافیت پزشکی تلفنی نظام وظیفه را نام ببریم می توان به عدم رشد جسمی و یا برخی بیماری های غدد اشاره کرد.